1)Грех:Это зомбированная группа сталкеров. Когда-то члены этой группировки были религиозными фанатиками, которые верили в божественную сущность Зоны, в последнее искупление человечества. Конфликт со всеми группами. Атакуют любых сталкеров. Сталкеры одеты в тёмные плащи с сильно надвинутыми капюшонами, так что не видно лица. База должна была располагаться на Армейских Складах.
2) Последний день.
3)Черные слизни: бандитские группы, которых можно встретить только в «предбаннике» Зоны. Одеты в черный плащ и камуфляж. По слухам, именно они являются прообразом «Ренегатов» из Чистого неба. Возвращены в некоторых модах.
4)Искатели: еще одна группировка сталкеров-экологов. Достоверной информации мало, известно, что их база находилась в вырезанной локации Darkscape (Тёмная Лощина ,Кишка Зоны).
5)Тёмные сталкеры:клан сталкеров-полумутантов. Информация практически отсутствует. виде можно судить по изуродованному лицу человека на обложке диска с игрой. В ресурсах игры можно найти их текстуры.

1-Завод «Росток» (Дикая Территория, Бар). Сам завод из игры вырезан, но присутствует в локации «Бар» и "Дикая Территория" - они есть части этого завода. Должен был распологаться западнее Кордона, где в Чистом Небе расположены Болота. Остался в мультиплеере как довольно динамичная и красивая карта.
2-Тёмная Лощина (другие названия — Даркскейп, Кишка Зоны). Вырезан из игры, хотя очертания на карте Зоны присутствуют. Достоверной информации нет, но по слухам именно в Лощине должна была распологаться база вырезанной из игры группировки «Искатели». На сохранившемся загрузочном экране видно главную достопримечательность локации - разрушенный мост. Этот мост можно разглядеть на общей карте Зоны правее Кордона. Немного покопавшись, можно было узнать, что там
были скриптовые сцены с кровососами, герой ехал через нее на машине, и там были бандиты.
3-Покинутая деревня (Затеряная деревня, Собачья деревня) Локация восточнее кордона, южнее Тёмной долины, Представляет небольшую деревню, разделённую глубоким разломом. В загрузочном экране ясно разгадываются дома ранее находившиеся на Кордоне старой версии.
4-Мёртвый Город. Из игры вырезан, в «Чистом Небе» его прототип как заброшенного города - Лиманск(хотя МГ и остался на карте). Очертания на карте Зоны присутствуют. Довольно маленький городок к западу от Военных Складов, в нём жили энергетики, не имевшие дома в Припяти и Чернобыле. Понятно, Мёртвый Город вымышлен. По задумке разработчиков там должны были находиться базы бандитов и наёмников. Играбилен в билде 1935, где показывает себя во всей красе, хоть и чаще всех других локаций вылетает. Интересной особеностью можно считать наличие канализации.
5-Рыжий лес. Через него игрок должен был бежать из плена наёмников в Мёртвом Городе. Его остатки являются лесом на локации "Радар". Воссоздан в приквеле "Чистое Небо".
6-Болота. Вырезаны из игры, возвращены в «Чистом Небе», но уже в другом виде. На карте можно найти очертания (ниже «Агропрома» или около Мертвого Города). Огромный массив непролазных топей. Играбельны в билде 1935, где представляют ненаселенную локацию, затопленную водой, кое-где на которой остались следы цивилизации. Посередине локации ее пересекает от начала до конца автомобильное шоссе из Мертвого Города.
7-Подземелья Припяти. По некоторым источникам в планы разработчиков входило создание огромной подземной локации, соединяющей все лаборатории и объекты в одно целое. Таким образом, например, из Х-18 можно было попасть на ЧАЭС. Яростно охраняются «Монолитом». В сторону правдивости говорит наличие множество дорог в никуда и кодовых дверей на верхних уровнях игры, а также разработка этой локации в приквеле «Чистое Небо». Их существование подтвердил недавний выход Build 1935, где представлены обширные подземные тоннели.
8-Генераторы. Небольшая локация севернее ЧАЭС, по сути является наиважнейшей, поскольку Второй взрыв произошел там. Об этом говорит статья в ПДА о происхождении Зоны: «С помощью спутников удалось выяснить, что эпицентр взрыва находился не у блоков самой АЭС, а в километре от них». Центральная часть занята сооружением, состоящим из выстроенных кругом шаров (генераторов) и находящейся в центре антенны. Около каждого шара находится участок вспученной земли. Местность покрыта мертвым лесом, присутствуют болота. В недалеке от установки находится военнаая база с подземным ходом наружу. Также присутствует небольшая деревня. В оригинальной версии генераторы помещены на локацию ЧАЭС, так как при этом АЭС становится ключевым объектом игры. Зачастую, ошибочно приравнивается к локациии «Darkscape».
9-Свалка. Старая версия свалки, очень сильно отличающаяся от самой себя в финальной версии. В несколько раз больше оригинала.

Бюрер
Низкорослые гуманоиды. Результат секретной правительственной программы по развитию телекинетических способностей у человека. Эксперименты ставились на заключенных. Обитают в подземельях(различных лабораториях, подвалах и т. п.). При встрече швыряют в противника предметы, используя телекинез. Также обладают способностью предвидения, заранее зная о приближении врага. Заменили карликов, от которых мало чем отличаются. Вырезаны из игры, согласно слухам, из-за некорректного поведения в узких коридорах(хотя никаких ошибок с ними в модах к игре не было, хотя замечено, что они крайне и крайне неохотно используют телекинез, предпочитая бить ударной волной)

Карлик
Человекоподобный мутант с укрупнённой головой и жёлто-зелёной кожей. Обитают в подземельях, заваливают ходы используя телекинез. В постоянной вражде со слепыми псами. По первоначальным планам должны были иметь босса, именуемого бюрером.

Химера
Продукт программы создания универсального животного-защитника (УЖАЗ). Происхождение по внешним признакам выявить не удаётся, скорее всего генетическая комбинация различных видов в том числе человека. Четвероногое существо с двумя головами (одна из них недоразвита), как следствие этого присутствует дублированная система внутренних органов. На конечностях огромные когти. Передвигается прыжками. Первоначально задумывалась как «тварь с Болот».

Кот
Обычный представитель семейства кошачьих, подвергшийся мутациям. Вырезаны, по-видимому, из-за соображений о слепых псах.

Крыса
Крысы в больших количествах весьма опасны. Вырезаны, согласно имеющимся данным, из-за необходимости отыгрывать огромное количество анимаций одновременно, что нагружает компьютер.

Крысиный волк
Наиболее крупная крыса, превосходит сородичей по размерам в несколько раз. Вожак стаи.

Зомби гражданский
Жертвы пси-излучателей и контролеров. Представляют из себя ходячие полутрупы. Судя по всему, это следующая ступень деградации зомбированных сталкеров. Есть также версия, что это мертвецы-сталкеры, ожившие после Выброса или попавшие под него. Причины вырезки неизвестны

Излом
Судя по всему излом — это мутировавшие люди, вероятно — оставшиеся в Зоне местные жители. Одет в плащ, под которым прячет гипертрофированную конечность. При встрече может поделиться полезной информацией в обмен на пищу, однако может нанести смертельный удар конечностью, когда жертва отвернется. Вырезан, так как разработчики смогли сделать лишь агрессивного монстра, не более.

Тварь с болот
Первоначально это было двуногое существо с двумя головами. Обитало на Болотах. Особенностей кроме неприглядной внешности не имела, за исключением двойного мозга за счёт второй головы. Позднее была переделана в химеру. Причины исчезновения мутанта неизвестны. В приквеле «Чистое Небо» болотной тварью зовётся подвид кровососов, обитающих на Болотах.
Псевдолюди
Монстры, не ушедшие дальше концепта. Сохранился только набросок внешности. Сильно обезображенные человекоподобные существа.